La laguna di Bora Bora, un ovale di 30 chilometri di acqua turchese delimitato dalla barriera corallina e da picchi vulcanici, racchiude una delle concentrazioni di vita marina più accessibili del Pacifico meridionale.
La profondità media della laguna è di dodici metri, abbastanza bassa da consentire alla luce solare di penetrare completamente e sostenere giardini di corallo che ospitano squali pinna nera, razze, razze leopardo e centinaia di specie di pesci. La legge della Polinesia Francese protegge queste acque come riserva marina, vietando la pesca e l'ancoraggio in zone designate. Ciò che i visitatori vedono oggi è un ecosistema che si sta riprendendo da decenni di sovrapesca: le popolazioni di squali si sono riprese dal 2006, quando il territorio ha emanato tutele di santuario in tutta la sua zona economica esclusiva.
Le formazioni coralline della laguna si raggruppano attorno ai motu, isolotti corallini piatti che circondano l'isola principale. Questi motu creano corridoi naturali di snorkeling dove i flussi di corrente portano nutrienti e plancton, attirando razze e squali in zone di alimentazione prevedibili. Gli operatori organizzano escursioni di mezza giornata e giornata intera per il tour di snorkeling nella laguna di Bora Bora, visitando solitamente da tre a cinque siti: un giardino di corallo poco profondo per i principianti, una stazione di alimentazione per razze e squali ad altezza vita e canali più profondi dove le correnti trasportano i nuotatori più esperti oltre i coralli a piastra e coralli cervello. Le stazioni di alimentazione sono controverse — i biologi marini notano che alterano il comportamento naturale — ma consentono incontri ravvicinati senza certificazione subacquea.
La visibilità dell'acqua di Bora Bora è in media di 20-30 metri tutto l'anno, più limpida tra maggio e ottobre, quando i venti alisei meridionali si calmano. La temperatura dell'acqua si mantiene costante tra i 26 e i 28 gradi Celsius, abbastanza calda per fare snorkeling senza muta. L'isolamento della laguna — 260 chilometri a nord-ovest di Tahiti — significa meno visitatori rispetto a Moorea o Rangiroa, sebbene le navi da crociera scarichino visitatori giornalieri durante l'alta stagione. La maggior parte dei tour di snorkeling nella laguna parte tra le 8:00 e le 10:00, tornando a mezzogiorno per evitare il moto ondoso pomeridiano. Le guide forniscono attrezzatura rispettosa della barriera corallina e impongono regole di non toccare, una risposta ai danni corallini documentati dal Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement. La salute della laguna dipende dal rispetto dei visitatori: il corallo spezzato impiega decenni per ricrescere in queste acque calde e povere di nutrienti.
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