Le lagon de Bora Bora, un ovale de 30 kilomètres d'eau turquoise bordé par une barrière de corail et des sommets volcaniques, abrite l'une des concentrations de vie marine les plus accessibles du Pacifique Sud.
La profondeur moyenne du lagon est de douze mètres, suffisamment peu profonde pour que la lumière du soleil pénètre entièrement et soutienne les jardins de corail qui accueillent des requins à pointes noires, des raies pastenagues, des raies léopard et des centaines d'espèces de poissons. La loi polynésienne protège ces eaux en tant que réserve marine, interdisant la pêche et le mouillage dans des zones désignées. Ce que les visiteurs voient aujourd'hui est un écosystème qui se remet de décennies de surpêche — les populations de requins ont rebondi depuis 2006, lorsque le territoire a instauré des protections de sanctuaire sur l'ensemble de sa zone économique exclusive.
Les formations coralliennes du lagon se regroupent autour des motus, des îlots de corail plats qui entourent l'île principale. Ces motus créent des couloirs de snorkeling naturels où les courants apportent des nutriments et du plancton, attirant les raies et les requins dans des zones d'alimentation prévisibles. Les opérateurs organisent des excursions d'une demi-journée ou d'une journée complète de snorkeling dans le lagon de Bora Bora, visitant généralement trois à cinq sites : un jardin de corail peu profond pour les débutants, une station de nourrissage des raies et des requins à hauteur de taille, et des canaux plus profonds où les courants transportent les nageurs les plus expérimentés au-delà des coraux plats et des coraux cerveaux. Les stations de nourrissage sont controversées — les biologistes marins notent qu'elles altèrent le comportement naturel — mais elles permettent des rencontres rapprochées sans certification de plongée.
La visibilité de l'eau à Bora Bora est en moyenne de 20 à 30 mètres toute l'année, plus claire entre mai et octobre lorsque les alizés du sud se calment. La température de l'eau reste stable entre 26 et 28 degrés Celsius, suffisamment chaude pour faire du snorkeling sans combinaison. L'isolement du lagon — à 260 kilomètres au nord-ouest de Tahiti — signifie moins de visiteurs qu'à Moorea ou Rangiroa, bien que les navires de croisière déposent des excursionnistes pendant la haute saison. La plupart des excursions de snorkeling dans le lagon partent entre 8h00 et 10h00 et reviennent vers midi pour éviter le clapotis du vent de l'après-midi. Les guides fournissent un équipement respectueux des récifs et imposent des règles de non-contact, une réponse aux dommages coralliens documentés par le Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement. La santé du lagon dépend du respect des visiteurs : le corail brisé met des décennies à repousser dans ces eaux chaudes et pauvres en nutriments.
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