A lagoa de Bora Bora, um oval de 30 quilômetros de água azul-turquesa delimitado por recifes de barreira e picos vulcânicos, detém uma das concentrações de vida marinha mais acessíveis do Pacífico Sul.
A profundidade média da lagoa é de doze metros, rasa o suficiente para que a luz solar penetre completamente e sustente jardins de coral que abrigam tubarões-de-pontas-negras, raias-prego, raias-pintadas e centenas de espécies de peixes. A lei da Polinésia Francesa protege estas águas como uma reserva marinha, proibindo a pesca e a ancoragem em zonas designadas. O que os visitantes veem hoje é um ecossistema se recuperando de décadas de sobrepesca — as populações de tubarões se recuperaram desde 2006, quando o território promulgou proteções de santuário em toda a sua zona econômica exclusiva.
As formações de coral da lagoa se agrupam ao redor de motus, ilhotas de coral planas que circundam a ilha principal. Esses motus criam corredores naturais de snorkel onde fluxos de corrente trazem nutrientes e plâncton, atraindo raias e tubarões para zonas de alimentação previsíveis. As operadoras realizam excursões de meio dia e dia inteiro de snorkel na lagoa de Bora Bora, geralmente visitando de três a cinco locais: um jardim de coral raso para iniciantes, uma estação de alimentação de raias e tubarões na altura da cintura e canais mais profundos onde as correntes levam nadadores mais experientes além dos corais-prato e corais-cérebro. As estações de alimentação são controversas — biólogos marinhos observam que alteram o comportamento natural —, mas permitem encontros próximos sem certificação de mergulho.
A visibilidade da água de Bora Bora tem uma média de 20 a 30 metros durante todo o ano, mais clara entre maio e outubro, quando os ventos alísios do sul se acalmam. A temperatura da água mantém-se estável entre 26 e 28 graus Celsius, quente o suficiente para praticar snorkel sem roupa de neoprene. O isolamento da lagoa — 260 quilômetros a noroeste do Taiti — significa menos visitantes do que em Moorea ou Rangiroa, embora navios de cruzeiro depositem passageiros durante a alta temporada. A maioria dos tours de snorkel na lagoa parte entre 8:00 e 10:00, retornando ao meio-dia para evitar a agitação do vento da tarde. Os guias fornecem equipamentos seguros para os recifes e aplicam regras de não toque, uma resposta aos danos aos corais documentados pelo Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement. A saúde da lagoa depende da conformidade do visitante: corais quebrados levam décadas para crescer novamente nessas águas quentes e pobres em nutrientes.
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